Työurallaan Juha Perttula on toiminut muiden muassa terveyskeskuspsykologina ja sairaalan psykologina. Jyväskylän yliopistossa hän toimi eri tehtävissä vuodesta 1991 lähtien. Lapin yliopiston sosiaalityön laitoksella hän on toiminut psykologian professuurin hoitajana yhtäjaksoisesti vuoden 1997 alusta lähtien.

Juha Perttulan tutkimusta kuvaa pyrkimys ymmärtää ihmisen kokonaisuutta, erityisesti ihmisen laaja-alaisten psykososiaalisten prosessien luonnetta. Hänen tutkimuksensa teemoja ovat muiden muassa psykologian ihmiskäsitys, tieteellinen metodi sekä miesten koettu elämänrakenne. Tutkimusta luonnehtii pyrkimys selvittää, millaisena olentona ihminen käsitetään, miten ihmisen tajunnalliset ja sosiaaliset merkitykset kietoutuvat toisiinsa sekä millä keinoin niistä erikseen ja yhdessä voidaan tuottaa tieteellisesti pätevää tietoa.

Juha Perttulan kirja "Kokemus psykologisena tutkimuskohteena - johdatus fenomenologiseen psykologiaan" on suosittu oppikirja. Perttulan tuotantoon kuuluu myös laajemmalle yleisölle tarkoitettu "Olenko onnellinen? Psykologista tunnustelua suomalaisen aikuisen onnellisuudesta."

Juha Perttula toimi Lapin yliopiston yhteiskuntatieteiden tiedekunnan dekaanina vuodesta 2006 vuoteen 2014. Perttulan johdolla Lapin yliopiston yhteiskuntatieteiden tiedekunta kasvoi maamme kahdeksan yliopistotasoisen yhteiskuntatieteellisen koulutusyksikön joukossa merkittäväksi ja Lapin yliopiston tiedekunnista se suurimmaksi.

Lapin yliopiston yhteiskuntatieteellisen alan koulutus on kehittynyt Perttulan johdolla tärkeäksi vaikuttajaksi Pohjois-Suomessa, Suomessa ja myös kansainvälisesti. Tänään tiedekunta on maassamme eturivissä muun muassa sosiaalityön tutkimuksessa ja opetuksessa, soveltavan psykologian ja hallintotieteen yhteistyön kehittämisessä sekä informaatioteknologian yhdistämisessä eri oppiaineisiin. Tiedekunnan osaamista hyödynnetään laajasti silloin kun tutkitaan ja kehitetään yhteiskunnallisia muutoksia ja tulevaisuuden suuntaa.

Tiedekunnan kansainvälisesti merkittäviä tutkimusaloja ovat muun muassa työn ja ympäristön sosiologia, yhteiskunnallinen palvelumuotoilu, globaali biopolitiikka sekä kaivosten vaikutusten tutkiminen. Tiedekunta tekee merkittävää Baltia-, Venäjä- ja Barents-yhteistyötä. Perttula on ollut uranuurtaja tohtorikoulutusyhteistyössä Liettuan kanssa.

Perttulan johtamistavalle dekaanina on ollut ominaista tietoperustaisuus, johdonmukaisuus ja ihmisen ymmärtäminen.

Rehtorin palkinto on suuruudeltaan 3 000 euroa.